航班事务及安全管理部负责的工作包括：监察航空公司遵守双边航空运输安排的情况；就本地航空公司的空运牌照申请及民航运输谈判向有关当局提供资料；为航空公司及其他飞机营运商提供航班协调和时刻分配服务；制定和实施航空安全管理政策，以促进航空系统安全和提升安全水平；以及监管香港的空中导航服务。本部也负责处理有关民航的立法事宜、监管无人驾驶飞机系统的操作；向国际组织提供航空交通统计数字；以及协调民航处专业职系人员培训政策的制定。
航空服务
航空交通量
二零一九至二零年度的客运量为6 072万人次，按年下跌19%；货运量为459万公吨，按年下跌7%。飞机升降量为377 455架次，按年下跌12%。本年度内，提供直接航班服务往来香港的航空公司有115家，服务网络涵盖219个城市／机场。
二零二零年年初，2019冠状病毒病于全球爆发，为航空业带来前所未见的挑战，香港的航空交通量亦难免受到影响。因应世界各地实施相应的旅游限制以及入境和检疫要求，多家航空公司需要暂时调整甚至停止客运航班服务。与此同时，货运航班的需求却大幅上升，以运送人道和医疗物资。航班事务及安全管理部时刻留意市场的变化，与业界保持紧密联系并提供协助，既支持全球抗疫工作，又确保航空货运运作畅顺。本部会继续因应市场变化，为业界提供适切支援，务求航空交通于疫情后可尽快回复畅旺。
本地航空公司的服务
截至2020年一月中旬，本地航空公司的服务如下：
国泰航空有限公司（国泰航空）营办的直接航班服务遍及全球78个目的地，当中包括定期客运航班的新航点西雅图。
港龙航空有限公司（港龙航空）营办的直接客运航班服务遍及47个目的地，包括一个新增航点新潟。
香港华民航空有限公司（华民航空）营办往来亚洲区13个目的地的直接货运航班服务，包括一个新增航点宿雾。
香港航空有限公司（香港航空）营办往来29个目的地的直接客运航班服务。
香港快运航空有限公司（香港快运）是本港目前唯一的低成本航空公司，直接航班服务涵盖25个目的地，包括新增的航点下地岛、冲绳和曼谷。
香港货运航空有限公司经营直接货运航班服务，服务覆盖12个目的地，包括一个新增航点吉隆坡。
TAG Aviation Asia Limited继续营办不定期客运航班服务，接载乘客到世界各地。
空中快线直升机有限公司继续营办香港与澳门之间的不定期客运航班服务。
直升机服务（香港）有限公司继续在本地提供客运包机和空中作业服务。
受到2019冠状病毒病影响，直接客运航班服务目的地数目有所下调。截至二零二零年三月底，国泰航空的目的地减至62个；港龙航空减至16个；香港航空减至九个；香港快运减至两个。货运方面，香港货运航空有限公司和华民航空分别经营直接货运航班服务至11和13个目的地。
另外，为加强防疫措施，政府宣布由二零二零年二月四日起暂停在港澳客轮码头的旅客清关服务，空中快线直升机有限公司亦自当天起暂停服务。
非本地航空公司的服务
伊斯尼斯航空于二零一九年六月开办往来香港与乌兰巴托的航班，是年内唯一开办新定期客运航班服务的非本地航空公司。
年内，共有四家航空公司停办往来香港的定期航班服务，计有：香草航空（二零一九年五月）、Sky Lease（二零一九年九月）、南非航空（二零一九年十一月）和捷星亚洲（二零二零年二月）¹。
年内，民航处合共签发了125张经营许可证，以供航空公司营办往来香港的定期航班服务，并处理了大约6 900宗更改定期航班服务申请，另又签发了1 413张经营香港境内和往来香港包机服务的许可证。
运价
年内，民航处共处理了804宗修订往来香港定期客货运航班服务的运价申请，并在二零一九年七月公布，适用于由香港出发的货运航空的货运燃油附加费机制，限期由二零一九年年底延长至二零二二年六月三十日。
空运牌照
根据《空运（航空服务牌照）规例》（第 448A 章），任何人如欲使用在香港注册的飞机，营办定期航班运载乘客、邮件或货物，必须向空运牌照局申请营运牌照。年内，民航处就一宗更改牌照申请，向空运牌照局提供了与航班事务相关的资料和统计数字。
航班时刻分配
按照国际航空运输协会发布的《世界航班时刻准则》，民航处的香港机场航班协调办公室以公平、中立、高透明度的方式分配机场航班时刻，以确保现有的机场基础设施得以善用。年内，于香港国际机场运作的航空公司及其他飞机营运商共获分配382 917个航班时刻，已分配的航班时刻使用率超过98.6%。民航处将会继续和业界持份者紧密合作，以充分利用航班时刻。
根据上述《世界航班时刻准则》，航空公司在航季内使用获分配航班时刻的比率至少须达八成，才能在来年的相同航季保留该等航班时刻。
访港旅客需求受到社会事件的影响而下跌，为航空业带来挑战。有见及此，民航处通知航空公司，在二零一九年八月一日至二零一九年夏季末期间取消的航班，在计算国际航空运输协会来年夏季可享航班时刻时，均视为已营运的航班。此后，民航处于二零一九年九月进一步公布，航空公司在国际航空运输协会二零一九年冬季可免受八成使用率的规则所限，让航空公司更加灵活地调动航班，以应付种种挑战。
为减轻2019冠状病毒病对航空运输的影响，民航处再在二零二零年三月公布延长上述豁免安排至国际航空运输协会二零二零年夏季。
国际民用航空组织(国际民航组织)的活动
为遵行《基本法》的规定，保持香港国际和区域航空中心的地位，以及方便履行国际民航组织区域空中导航程序所定的职责，民航处继续积极参与国际民航组织的活动，包括会议、座谈会及研讨会等。年内，民航处代表以中华人民共和国代表团成员身分，出席了四次只限国家参加的国际民航组织会议，另以“中国香港”的名义，参加了25次并非仅限国家出席的国际民航组织会议。以上29次会议的详情载于附录。此外，本处与国际民航组织往来的函件共有434份，主要就民航技术事宜提供意见及资料。
亚太经济合作组织(亚太经合组织)的活动
民航处继续以“中国香港”的名义，支持亚太经合组织的民航活动和措施。年内，本处就亚太经合组织的22 项要求，提供了民航技术事宜的意见及资料。
无人驾驶飞机系统（无人机）
在香港，无人机属航空器的一种，在飞行安全方面受民航条例规管。根据《1995 年飞航（香港）令》（第 448C 章）第 48 条，任何人士不得罔顾后果或疏忽地引致或容许飞机（包括无人机）对他人或财产安全构成危险。
民航处现正检讨香港的无人机规管机制，务求既能保障公众安全，又能配合无人机的技术发展及日趋多元化的用途。作为检讨的一部分并探讨如何优化现行规管机制，民航处进行了顾问研究和公众谘询，在评估所搜集的意见后拟定详细建议，并在二零一九年六月二十四日谘询立法会经济发展事务委员会。民航处会继续跟进事务委员会提出的意见，草拟法例，优化无人机的规管机制。
为有助实施相关安排，民航处正研发流动应用程式和互联网网站形式兼备的电子平台，当中包括可显示无人机限飞区的地图，以供使用者参考。与此同时，民航处会透过不同方式继续宣传及教育工作，包括在民航处网站刊载安全资料和指引、派发安全单张、在电视和电台广播安全信息，以及定期与各大无人机／模型飞机协会和制造商沟通，以提高相关界别、机构和市民对操作无人机的安全意识。
安全策略办公室
安全策略办公室负责落实安全管理措施和规定，统筹和协调本处推展航空安全方案和持续监察方法的工作，以及促进有效的安全管理。
持续监察方法的落实工作
根据国际民航组织采用的持续监察方法，各缔约国及民航当局须向国际民航组织提供资料，以供持续审计，从而加强各国及民航当局监督航空安全的能力，促进全球航空安全。
年内，民航处继续透过协调方法积极落实持续监察方法的工作，包括制定行动计划及相关工作、向国际民航组织提供最新资料，以及定期检视有关持续监察方法的文件。
国际民航组织国家安全方案的实施
年内，民航处继续推行《香港航空安全方案》，并根据国际民航组织的最新安全管理标准和指引，检讨和更新有关方案。
随着国际民航组织发布二零二零至二二年《全球航空安全计划》，国际民航组织优化了全球持续改进航空安全的路线图，并要求每个地区均须制定地区航空安全计划，在地区层面落实《全球航空安全计划》。为配合国际民航组织的安全计划，民航处参与亚太地区区域航空安全小组成立的专责工作小组，致力制定《亚太地区航空安全计划》。民航处会继续在现行航空安全监督制度内，逐步引入绩效管理的元素，并推行相关的全球航空安全策略和安全管理规定，不断改进航空安全的规管工作。
航空交通管理标准组
航空交通管理标准组（空管标准组）负责确保本港提供的空中导航服务达到并维持在所订的高水平安全标准。
安全监督工作
空管标准组定期对航空交通管理部和航空交通工程服务部进行审计和安全检查。年内，共进行了28次审计和安全检査。
安全检查范围包括航空交通管理与通讯、导航和监察服务的运作、程序、培训和考试，安全管理系统的应用，空管设备／系统，安全事故调查，设备维修保养的安排，内部审核，以及安全建议的跟进行动。
空管标准组的职责之一，是联同航空交通管理部的调查人员，就所有空管事故展开初步调查，以确定事故的类别和严重程度，然后再按既定指引，决定调查的形式。年内，空管标准组进行了空管事故的安全覆检。
空管标准组亦透过空中导航服务标准协调会议和航空交通安全评核委员会，定期与空中导航服务提供单位和其他负责航空安全的持份者合作，例如飞行标准及适航部、本地主要航空公司和政府飞行服务队，以共同检讨安全事故、安全管理系统的应用和提供安全空中导航服务的事宜，推动持续发展，精益求精。
文件编制
空管标准组定期覆检和修订现有的规管文件，确保内容准确有效和符合现况。
空管人员执照
根据《国际民航公约》《附件 1》的标准和《1995 年飞航（香港）令》的规定，空管标准组共发出了205份首次签发的空管主任执照、空管级别执照和合格证书，另续发了296份空管级别执照和证书。
安全推广工作
为推广安全讯息，空管标准组定期为空中导航服务提供单位和维修服务承办商的职员，举办安全文化及安全管理系统的简报会和发布安全推广资讯，以巩固安全监督和安全管理的概念。此外，空管标准组也定期于本处内联网上载规管资讯和安全管理资料，方便所有空中导航服务人员查阅。
培训及发展
航班事务及安全管理部为培训及发展委员会提供支援，以制定民航处的培训政策，并就批准民航处培训计划的事宜作出建议。另外，本部定期联络各分部负责统筹培训事宜的人员，协助举办为整个部门而设的培训活动。
知识管理活动
为进一步推动民航处的持续学习文化，本部继续筹办多项知识管理活动，包括举行最新航空发展或趋势的讲座、拜访航空业界主要持份者等。在众多活动中，邀请政府飞行服务队、天文台等其他政府部门人员担任嘉宾讲者，以讲座形式分享与航空相关的知识和经验的“学习星期三”，广受专业职系人员支持，口碑良好。
航空教育径
航空教育径（教育径）导赏团继续为市民大众提供一个增进航空知识的宝贵渠道，向参观者讲解民航处各分部的功能及职责、香港民用航空的发展历程、正在建造的第三条跑道系统，以及航空安全的重要性。年内，参观教育径的人数约有10 000人，而导赏团参加者以本地学生为主。
¹Aurora Airlines、Globus Airlines和印度捷特航空于二零一九年三月停办往来香港的定期航班服务。