飞行标准及适航部负责签发航空运输企业营运人许可证（航空营运人许可证），以及监察所有持证公司的运作，确保这些公司遵守国际民用航空组织（国际民航组织）就飞行安全及适航所订定的标准和建议措施。
本部的其他职责包括签发空勤人员和飞机维修执照，监察在香港注册的飞机的适航标准和维修水平，巡查飞机维修机构，监督轻型飞机和直升机的运作，以及监察外地航空公司在香港国际机场运作的安全水平。
