飛行標準及適航部負責簽發航空運輸企業營運人許可證（航空營運人許可證），以及監察所有持證公司的運作，確保這些公司遵守國際民用航空組織（國際民航組織）就飛行安全及適航所訂定的標準和建議措施。
本部的其他職責包括簽發空勤人員和飛機維修執照，監察在香港註冊的飛機的適航標準和維修水平，巡查飛機維修機構，監督輕型飛機和直升機的運作，以及監察外地航空公司在香港國際機場運作的安全水平。
